Die erste öffentliche antijüdische Aktion war der Boykott der jüdischen Geschäfte am 1. April 1933. Sechs Tage später wurden Juden per Gesetz aus dem öffentlichen Dienst ausgeschlossen (ausgenommen diejenigen, die im I. Weltkrieg Frontsoldaten waren). Wenig später folgten Gesetze, welche die Ausübung der Berufe für jüdische Ärzte und Juristen stark einschränkten, die Zahl von jüdischen Studenten begrenzten und Juden aus dem Journalismus und aus dem kulturellen Leben ausschlossen. Begleitet wurden diese gesetzlichen Maßnahmen durch Terror: die Inhaftierung von Juden in Konzentrationslagern. Dort wurden sie besonders grausam behandelt und oft getötet.

Im Zusammenhang mit dem Wiederanschluss des Saarlands im Januar 1935 begann eine neue Welle lokalen Terrors, begleitet von einer Hetzpropagandakampagne und Massenversammlungen, organisiert von Joseph Goebbels und Der Stürmer-Herausgeber Julius Streicher. Es folgten die berüchtigten “Nürnberger Gesetze” vom September 1935, mit denen Juden die deutsche Staatsbürgerschaft entzogen (“Reichsbürgergesetz”), Heirat oder Liebesbeziehungen mit Nichtjuden verboten und Juden als “Rasse” definiert wurden (“Gesetz zum Schutze des deutschen Blutes und der deutschen Ehre“). Es folgte eine Phase relativer Ruhe, in der die Arisierung jüdischen Eigentums vorbereitet wurde.

Mit dem Anschluss Österreichs im März 1938 und des Sudetenlands im September 1938 gerieten über 200.000 weitere Juden unter das Joch der Nationalsozialisten. Am 28. Oktober 1938 wurden 15.000 bis 17.000 polnische Juden, die in Deutschland gelebt hatten, nach Polen abgeschoben. Als Polen sich weigerte, sie aufzunehmen, saßen sie zwischen zwei Ländern in der Falle. Am 7. November 1938 erschoss Herschel Grynspan, dessen Eltern sich unter den Ausgewiesenen befanden, Ernst Vom Rath, einen deutschen Diplomaten in Paris. Dieser Mord diente als Vorwand für die berüchtigte Reichskristallnacht, ein Pogrom, der im ganzen Reich in der Nacht vom 9. auf den 10. November 1938 stattfand. Dabei wurden mehr als 100 Juden ermordet, 30.000 jüdische Männer in Konzentrationslager deportiert und etwa 1000 Synagogen niedergebrannt. Die Juden in Deutschland wurden dazu gezwungen, die Schäden in Höhe von einer Milliarde Reichsmark als “Sühneleistung” selbst zu zahlen. Im gleichen Monat folgten neue Gesetze, um Juden aus dem Wirtschaftsleben auszuschalten, jüdische Kinder aus den Schulen zu werfen und ihre Bewegungsfreiheit in der Öffentlichkeit einzuschränken.

Nach dem Beginn des II. Weltkriegs im September 1939 wurden weitere antijüdische Maßnahmen in Kraft gesetzt, die den verbliebenen Juden das Leben in Deutschland noch schwerer machten (117.000 Juden flohen 1938 und 1939, als die Nazis die Abwanderung forcierten). Juden wurde verboten, ihre Wohnungen nach Einbruch der Dunkelheit zu verlassen, sie wurden aus bestimmten Stadtteilen verbannt, erhielten gekürzte Lebensmittelrationen, durften nicht in allen Geschäften einkaufen und mussten Schmuck, Radios, Photoapparate, elektrische Geräte und Wertsachen abgeben.

Juden wurden von der übrigen Bevölkerung isoliert. Sie mussten in so genannten „Judenhäusern” leben. In diesen Häusern durften nur Juden wohnen. Juden, die als “arbeitsfähig” eingestuft wurden, mussten Zwangsarbeit leisten und willkürliche Verhaftungen und Einweisungen in Konzentrationslager gingen weiter. Ab September 1941 mussten alle Juden über sechs Jahre den Judenstern tragen, sie durften keine öffentlichen Verkehrsmittel mehr benutzen.

Nach Beginn des II. Weltkriegs starteten die Nazis ein neues Massenmordprogramm: die so genannte “Euthanasie” zur Ermordung von Kranken und Behinderten. Unter ihrem Deckmantel wurden viele Hundert Juden ermordet. Insgesamt fielen der Aktion etwa 120.000 Menschen zum Opfer.

Im Februar 1940 begannen die Deportationen von Juden aus Deutschland, und zwar im Raum Stettin und Schneidemühl. Die nächste Aktion folgte im Sommer mit der Vertreibung von 7.500 Juden aus Baden, der Pfalz und dem Saarland nach Frankreich, wo die meisten ins Konzentrationslager Gurs kamen (und später in die Vernichtungslager im Osten). Im Oktober 1941 begann die systematische Deportation aus dem Reichsgebiet. Die meisten dieser anfänglichen Transporte hatten die Ghettos von Lodz und Warschau in Polen zum Ziel sowie Riga, Kowno und Minsk in den bereits besetzten Gebieten der Sowjetunion, wo die „Endlösung“ bereits begonnen hatte.

In einigen Fällen wurden die deutschen Juden sofort nach ihrer Ankunft am Zielort ermordet, andere teilten das Schicksal mit den Juden in den örtlichen Ghettos. 1942 und 1943 wurden deutsche Juden direkt in die Vernichtungslager in Polen deportiert, hauptsächlich nach Auschwitz. Rund 42.000 Juden aus Deutschland, überwiegend ältere Menschen und „Privilegierte“, wurden in das Ghetto Theresienstadt deportiert. Die meisten starben entweder dort oder nach dem Weitertransport in Vernichtungslager.
Im Juli 1943, nach Beendigung der Deportationen, erklärten die Nazis die „Liquidierung“ der deutschen Juden offiziell für abgeschlossen. Alle verbliebenen jüdischen Organisationen wurden geschlossen. Zu dieser Zeit lebten nur noch 15.000 Juden in Deutschland, die meisten waren verheiratet mit nichtjüdischen Partnern.

Von den schätzungsweise 566.000 Deutschen, die von den “Nürnberger Gesetzen” als Juden eingestuft worden waren, haben die Nazis und ihre Helfer rund 140.000 ermordet. Darin eingeschlossen sind mehrere Tausend Selbstmorde und die ermordeten Juden des „Euthanasieprogramms“. Die meisten der Überlebenden waren in Länder emigriert, die nicht von Deutschen besetzt wurden. Insgesamt lebten nach 1945 20.000 Juden in Deutschland, die meisten von ihnen hatten in Mischehen überlebt oder waren Mischlinge. Über 5.000 Juden hatten in Verstecken überlebt. Weitere 5.000 Juden überlebten im Ghetto/Konzentrationslager Theresienstadt.