Od wybuchu II Wojny Światowej we wrześniu 1939 roku Naziści rozpętali falę prześladowań i przemocy skierowanej przeciwko polskim Żydom. (Początkowy podbój Zachodniej części Polski dal im kontrolę nad 2.100.000 Żydów, podczas gdy część Polski okupowaną przez Sowietów zamieszkiwało 1,2 mln Żydów.) Krótko po inwazji Niemcy zaczęli przymusowe wydalanie Żydów z terenów włączonych do Trzeciej Rzeszy, a nazwanych jako Generalna Gubernia. Zaczęli również zakładać „Żydowskie Rady’’, aby wprowadzały w życie niemieckie dyrektywy w sprawie społeczności żydowskiej.

Generalna Gubernia dowodzona przez Hansa Franka, została założona 25 listopada 1939 roku. Wprowadzono obowiązkowe, przymusowe prace dla Żydów. Każdy Żyd powyżej dziesiątego roku życia musiał nosić białą opaskę z niebieska Gwiazdą Dawida. Swoboda w poruszaniu się została również mocno ograniczona. Judenraty ( Żydowskie Rady) były zmuszone wziąć na siebie odpowiedzialność za budownictwo, zatrudnienie i higienę w gettach, które były zakładane przez Nazistów. Powstała Żydowska Policja. Od samego początku Naziści usiłowali poniżać Żydów, izolowali ich od reszty społeczeństwa. Systematycznie okradali ich posesje oraz wykorzystywali jako źródło taniej pracy. Zasadniczo organizowanie getta zaczęło się w niektórych miastach pod koniec 1939 roku.

Getta były ważnym etapem w niemieckiej polityce antyżydowskiej, służyły jako tymczasowe więzienia aż do Ostatecznego Rozwiązania. Warunki w gettach zależały od różnych lokalnych czynników, były w większości przeludnione, jak w Warszawie-(500 000) współwięźniów. W Lodzi (165 000)- były gorsze warunki. Ogromny głód, epidemie, przerażające warunki sanitarne oraz masowe bezrobocie doprowadziły do śmierci tysiące osób jeszcze zanim Naziści zaczęli systematycznie masowo mordować polskich Żydów. W ten sposób, np. tempo umieralności w warszawskim getcie wyniosła 90 zgonów na 1000 współwięźniów w 1941 roku i 140 w 1942 roku.

Nazistowski atak na Związek Sowiecki 22 czerwca 1941 roku sygnalizował początek realizacji Ostatecznego Rozwiązania w Polsce. Wermachtowi w przeniesieniu się na tereny wschodniej Polski towarzyszył Einsatzgruppen (tzw. ruchomy zespól zabijania), który zaczął systematycznie masowo mordować Żydów. Krótko potem 7 grudnia 1941 roku uruchomili w Chełmnie (na północ od Lodzi) pierwszy obóz śmierci, w którym masowo zaczęto zagazowywać więźniów. Do maja 1942 roku 55 000 Żydów w 66 transportach było deportowanych do obozów, gdzie natychmiast po przybyciu zostali zagazowani.

U schyłku 1941 roku Naziści zaczęli przygotowywać akcje, którą nazwano potem „ Operacją Reinchardt”, był to plan unicestwienia całego polskiego żydostwa. W celu podtrzymania masowych mordów, powstały dodatkowe trzy obozy śmierci: Treblinka, Bełżec i Sobibór. Jako pierwszy zaczął działać Bełżec 17 marca 1942 roku. Był to obóz, do którego deportowano i mordowano Żydów z Galicji. Do 10 listopada 1942 roku zostało tam wysłanych ponad 250 000 Żydów. W pierwszej połowie 1942 roku Żydzi z okręgu Lublina byli deportowani do Sobiboru, podczas gdy Żydzi z okolic Warszawy, Radomia i Białegostoku byli wywożeni w większości do Trebllinki. Największe deportacje w gettcie warszawskim miały miejsce począwszy od 22 lipca aż do polowy września 1942 roku i objęły 300 000 Żydów, którzy byli wysłani do Treblinki, a następnie zagazowani po przybyciu. Nazistowskie SS i policja wspólnie z policją ukraińską i Łotyszami oraz w asyście policji żydowskiej przeprowadziły wspólną akcję. Operacja ta była zainicjowana w taki sposób, aby ukryć prawdziwe intencje Nazistów.

Początkowo, niektórzy Żydzi, którzy byli zdolni do pracy na rzecz Niemców byli oszczędzani przed deportacją do obozów śmierci. Jednakże ta sytuacja okazała się tymczasowa, chociaż spowodowała opóźnienie w likwidacji łódzkiego getta aż do późnego lata w 1944 roku.

Likwidacje gett w Polsce kontynuowano przez 1943 aż do wczesnego 1944 roku. Wszyscy więźniowie zostali deportowani, większości do sześciu obozów zagłady takich jak: Oświęcim-Brzezinka, Chełmno, Majdanek, Treblinka, Bełżec i Sobibór. Niektórzy z deportowanych do Oświęcimia i Majdanka (które oprócz pełnienia roli obozów zagłady pełniły również funkcje obozów pracy) i nadający się jeszcze do wykonywania pracy byli kierowani do wyniszczających robót. Pozostali byli zagazowywani zaraz po przybyciu.
Niektórzy Żydzi byli początkowo deportowani do typowych obozów pracy, lecz na początku listopada 1943 roku zlikwidowano wszystkie tego typu obozy działające w obwodzie lubelskim, a krótko po tym zlikwidowano także wszystkie pozostałe obozy pracy.

W rzeczywistości masowe ludobójstwo wstrzymano dopiero w listopadzie 1944 roku, kiedy to rozpaczliwa sytuacja militarna nazistów skłoniła szefa SS Heinricha Himmlera do próby użycia faktu ocalenia resztek Żydów jako argumentu dla zawarcia separatystycznego pokoju z Zachodnimi aliantami. Negocjacje pokojowe z aliantami zmusiły tym samym Himmlera do wydania rozkazu zaprzestania masowych mordów na Żydach w Brzezince.

Podsumowując, w czasie Holocaustu uległo zagładzie w przybliżeniu około 3 miliony osób narodowości żydowskiej